Pada tahun 1740 di Batavia (sekarang jakarta) terjadi pemberontakan besar orang-orang Tionghoa terhadap VOC (Belanda). Pemberontakan ini dipicu lantaran kebijakan VOC yang membatasi gerak ekonomi dan menerapkan pajak tinggi terhadap komunitas Tionghoa. Akibatnya, VOC melakukan pembantaian besar-besaran terhadap orang Tionghoa di Batavia, sehingga ribuan orang melarikan diri ke berbagai daerah di pulau Jawa, termasuk Jawa Tengah. Banyak dari mereka yang merupakan kelompok yang menentang kebijakan VOC hingga akhirnya ke wilayah Kedu, tempat Magelang berada. Mereka bersembunyi di pedalaman, termasuk di sekitar kecamatan Muntilan. Setelah VOC berhasil menumpas pemberontakan, orang-orang Tionghoa yang selamat akhirnya menetap sebagai pedagang atau petani di daerah baru mereka.
Sekitar 85 tahun setelah Geger Pecinan, terjadi Perang Diponegoro (1825-1830), sebuah perlawanan besar terhadap Belanda yang dipimpin Pangeran Diponegoro. Di masa ini, komunitas Tionghoa mengalami dilema besar. Beberapa Tionghoa mendukung Belanda karena memiliki bisnis dan izin berdagang dari pemerintah kolonial, namun ada juga yang membantu pasukan Diponegoro dengan memberikan logistik dan tempat persembunyian.
Perang ini berlangsung sengit di wilayah Kedu, termasuk Magelang. Magelang sendiri menjadi pusat pertahanan Belanda, dan di tahun 1830, Pangeran Diponegoro ditangkap di kota ini setelah dijebak oleh Jenderal De Kock. Bahkan uniknya hingga sekarang, di lokasi penangkapan Diponegoro ini masih tersimpan kursi yang membekas cakaran Pangeran Diponegoro saat menahan amarah bahwa dirinya dijebak lalu ditangkap. Kursi tersebut kini dirawat di Museum Diponegoro, yang sekaligus menjadi tempat penangkapan beliau saat itu.
Setelah perang berakhir, Belanda mulai mengembangkan Magelang sebagai kota Militer, yang kemudian menarik banyak komunitas Tionghoa untuk menetap dan berbisnis di sini, sehingga pemerintah kolonial mengumpulkan mereka di satu kawasan yang sama, kawasan Pecinan yang kini bernama Jl Pemuda.

(lukisan penangkapan Diponegoro di Magelang)
Seiring bertambahnya jumlah komunitas Tionghoa di Magelang, kebutuhan akan tempat ibadah juga meningkat. Di tahun 1864, seorang kapitan Tionghoa bernama Be Tjok Lok menghibahkan sebidang tanahnya untuk membangun Klenteng Liong Hok Bio di tempat yang sama dengan berdirinya Klenteng saat ini, di Jl. Alun Alun Selatan No.2, Kemirirejo, kec. Magelang Tengah.
Klenteng Liong Hok Bio Magelang utamanya memuja dewa Hok Tek Cing Sin, dewa bumi dan pelindung rezeki dalam kepercayaan Tionghoa. Berdirinya Klenteng ini tepat sebagai 'gerbang masuk' area Pecinan di Jl Pemuda, seingga disimbolkan ibarat kepala naga, dan kawasan Jl Pemuda sebagai badannya. Berdirinya kawasan Pecinan juga diatur oleh pemerintah kolonial, berdasarkan aturan Wijkenstelsel. Yang mana orang-orang Tionghoa diwajibkan tinggal di area yang sudah ditentukan sekaligus berdagang di dalamnya.
Sebelumnya, komunitas Tionghoa diwajibkan tinggal di area khusus bernama Pecinan berdasarkan aturan Wijkenstelsel. Namun pada 1930-an, aturan ini kemudian dicabut, sehingga memungkinkan mereka untuk tinggal dan berbisnis di luar kawasan Pecinan. Akibat hal ini, interaksi dengan masyarakat pribumi semakin meningkat, sehingga komunitas Tionghoa semakin berkembang di Magelang.
Pada 16 Juli 2014 dini hari, Klenteng Liong Hok Bio mengalami kebakaran hebat yang menghanguskan sebagian besar bangunannya, termasuk altar utama pada Klenteng ini. Diduga kebakaran Klenteng ini diakibatkan oleh lilin yang sebelumnya dipakai untuk sembahyang, karena tepat sebelum kebakaran diadakan sembahyang bersama. Akhirnya, bangunan asli yang berdiri sejak tahun 1864 sudah hilang. Namun berkat gotong royong komunitas, Klenteng ini berhasil didirikan kembali dengan bangunan yang megah, sehingga tetap menjadi simbol warisan budaya Tionghoa di Magelang.

(klenteng Liong Hok Bio sekarang)